Музей был создан вскоре после организации в Сибирском отделении АН СССР в 1964 г. первого гуманитарного института – Института истории филологии и философии – по инициативе его первого директора академика А.П. Окладникова. Главной задачей музея стала демонстрация новейших достижений и находок, сделанных археологами, этнографами, археографами во время многочисленных экспедиций, пропаганда научных знаний о далеком прошлом населения огромного региона, богатстве и разнообразии культур, их смене, влиянии и взаимообогащении. Первоначально в течение нескольких лет музей размещался в здании Института экономики, в коридоре четвертого этажа, и имел камерный характер. По мере выделения новых площадей для гуманитарного института, не имевшего тогда собственного здания, расширялась и обновлялась экспозиция. В середине 1970-х гг. музей занимал уже шесть комнат общей площадью более 150 кв. м. А с постройкой здания Института в 1980 г. под него был отведен целый этаж. Площадь экспозиции составляла 380 кв. м. В таком виде музей просуществовал до середины 1990-х гг.
В настоящее время музей расположен в отдельно стоящем здании лабораторно-выставочного комплекса Института археологии и этнографии СО РАН по ул. Золотодолинская, 4. На общей площади более 500 кв. м. размещены экспозиция (315 кв. м.), фонды, реставрационная лаборатория.
При создании экспозиции музея использовались историко-культурный подход, ставшая традиционной периодизация по эпохам: палеолит, неолит и бронза, ранний железный век, средневековье. Последний зал посвящен духовной культуре современных народов Сибири и Дальнего Востока.