Отдел учета и хранения коллекций создан в 2018 г. с целью осуществления учета, хранения, изучения и публичного представления археологических предметов и коллекций, в том числе включенных в состав музейного фонда РФ в соответствии с законодательством РФ. (Госкаталог РФ). Основным направлением научно-исследовательской деятельности отдела является разработка научных подходов систематизации, описания, реставрации, консервации и хранения археологических коллекций.
Лаборатория камеральной и цифровой обработки археологических материалов (в дальнейшем ЛКЦО) официально создана в декабре 2018 г., сформировала свой состав специалистов в течение 2019 г. Отдел учета и хранения коллекций и Лаборатория камеральной и цифровой обработки археологических материалов в 2020 объединены в Лабораторию камеральной и цифровой обработки, учета и хранения археологических коллекций.