Музей ННЦМБ занимается хранением морских биологических коллекций и популяризацией морской биологии. Коллекции музея предназначены для фундаментальных и прикладных исследований, а также для просветительских целей.
Экспозиционный зал музея в процессе реэкспозиции, в зале проходят выставки и образовательные программы.