Зоологический музей Казанского университета относится к числу старейших в России. По богатству и исторической ценности коллекций является одним из значимых зоологических музеев страны. Начало зоологическим коллекциям музея положили собрания, переданные Казанской гимназией, на базе которой в начале 19 века и возникает Университет. Особое место занимают сборы известных ученых-зоологов: Э.И. Эйхвальда, Э.А. Эверсмана, М.М. Усова, Э.А. Мейера, М.Д. Рузского, Н.А. Ливанов, А.А. Остроумова и многих других. Сегодня зоологическая часть коллекции музея занимает восемь залов, расположенных по фасаду второго этажа восточного крыла главного здания университета, и включает экспонаты из двадцати трёх систематических типов животных, собранных в самых разнообразных уголках Земли.
Ботанические коллекции ведут начало с первой четверти 19-го века. Самые старые экспонаты музея (гербарные листы) датируются 1815 г. Среди коллекций - сборы известных ученых: П.Н. Крылова, С.И. Коржинского, А.Я. Гордягина, К.С. Мережковского и многих других. В основу музея легли гербарные, палеоботанические, дендрологические, карпологические собрания, коллекция старинной мебели и картины профессора В.И. Баранова кафедры ботаники Казанского университета. В 2018 г. открылась экспозиция ботанического отдела музея, разместившаяся в бывшем кабинете профессора В.И. Баранова.