Музей археологии и этнографии ЯГУ был основан по инициативе профессора Г.П. Башарина. Датой создания музея стало 27 октября 1972 г. Основанием для открытия музея послужили археологические материалы, собранные в ходе работ археологической экспедиции ИФФ ЯГУ и уникальная этнографическая коллекция Г.Н. Копырина – энтузиаста изучения истории якутского народа и его материальной культуры.
В 1976 г. Музей археологии и этнографии ЯГУ по приказу № 551 от 31.12.1976 г. Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР получает статус государственного.
В начале 1990-х гг. Якутский госуниверситет вышел с предложением к президенту РС(Я) М.Н. Николаеву о строительстве нового здания МАЭ ЯГУ. Началась кропотливая работа над созданием новой значительно расширенной археолого-этнографической экспозиции, демонстрирующей в хронологической последовательности археологические культуры Якутии с эпохи камня до этнографической современности.
В 2002 г. при поддержке первого президента РС(Я) состоялось открытие нового музейного комплекса.
В апреле 2025 г. Музей археологии и этнографии вошел в состав Научно-выставочного комплекса СВФУ. Вхождение в состав комплекса стало новым этапом в развитии музея и его интеграции в научную, образовательную и выставочную деятельность университета.
Сегодня Музей археологии и этнографии продолжает свою научную, экспозиционно-выставочную и просветительскую деятельность. Музей открыт для посетителей, знакомя жителей Якутска и гостей столицы республики с археологическим и этнографическим наследием Якутии, результатами многолетних исследований и уникальными коллекциями, сформированными за более чем полувековую историю его деятельности.