Музей Морского гидрофизического института был создан в 2004 году в преддверии 75-тилетия МГИ. Замысел его создания воплотили в жизнь люди, посвятившие не один десяток лет родному институту ‒ Ю. А. Гросс, С. В. Кулешов, А. А. Сизов, Н. Я. Архипов, И. С. Никольский. Профиль музея – исторический и научно-технический, что отражено в его паспорте, форма собственности – государственная.
В его экспозиции собраны уникальные приборы и оборудование разработанные и созданы в МГИ, архивные документы, макеты кораблей, маяков и океанографических сооружений (например, платформы в Кацивели), фотографии, на которых прослеживается жизнь и деятельность сотрудников, их научные достижения, все этапы развития института от строительства корпусов до современности. Особое место занимает галерея фотографий из личных архивов знаменитых ученых, где их можно увидеть на рабочем месте, в окружении коллег и учеников. Один из залов музея представляет собой мемориальный кабинет, посвященный академику А. Г. Колесникову, в котором хранятся подлинные, принадлежавшие ему вещи, предметы мебели – стол, кресло, телефон, книжный шкаф с книгами, работающие большие часы, карта Мирового океана, на которой отмечены районы работ МГИ в Мировом океане. Тут же стоят и книжные шкафы, в которых можно увидеть книги и сувениры из кабинетов других директоров МГИ – академика АН УССР Б. А. Нелепо, академиков НАН Украины В. Н. Еремеева и В. А. Иванова. Кабинет оборудован экраном для показов слайд-фильмов из коллекции МГИ. Привлекает внимание огромная книга Почетных посетителей института в металлической обложке. На первой ее странице сделали записи Президент АН УССР Борис Евгеньевич Патон и Президент АН СССР Анатолий Петрович Александров.
Сотрудники института помогают пополнять выставку экспонатами, уникальными документами и реликвиями, которые в музее приобретают вторую жизнь. В музее часто проводятся экскурсии студентов, учеников городских школ и гостей института.