Музей создан в 1985 г. Основными задачами  его деятельности являются хранение и экспонирование многочисленных археологических находок полученных в ходе раскопок древних памятников на территории Алтайского края и республики Алтай.
Фонды музея ежегодно пополняются новыми коллекциями благодаря деятельности по исследованию археологических памятников  сотрудниками, преподавателями и студентами АлтГУ. В настоящее время в музее хранится более 100 000 древних артефактов.
Экспозиция музея   последовательно  освещает  все периоды древней истории Алтая  начиная от эпохи палеолита до эпохи позднего средневековья. В музее демонстрируются более 1500  подлинных экспонатов. В каждом разделе экспозиции выставлены уникальные находки включающие, в том числе, предметы древнего искусства. Яркими объектами показа являются  созданные сотрудниками музея  реконструкции древних захоронений эпохи бронзы и тюркского времени. В отдельном разделе демонстрируются уникальные образцы антропологической коллекции. Значительная часть экспозиции отведена реконструкциям вооружения воинов эпохи средневековья.Музейные фонды используются в учебной и научной деятельности университета. Выпускные квалификационные работы студентов, их доклады на конференции различного уровня опираются на материалы, хранящиеся в музее.  Фонды музея стали основой для написания докторских и кандидатских диссертаций, защищенных сотрудниками университета. Кроме того, с музейными коллекциями знакомятся и работают ученые из многих городов России, а также иностранные специалисты.