Музей МИСИ-МГСУ существует с декабря 1972 года. Именно тогда, к 50-летию института, в здании МИСИ на Шлюзовой набережной состоялось торжественное открытие музея. Учредитель музея ректорат Московского инженерно-строительного института. Большой вклад в создание музея в начале 70-х годов внесли ректор Н.А. Стрельчук, профессоры И.В. Прозоров, Е.В. Шилов, секретарь парткома Л.Ф. Шубин, председатели профкома А.Ф. Мастюгин, А.С. Яковлев, Н.Г. Головин и др. На начальном этапе музей возглавляли ветераны Великой Отечественной войны Н.И. Щербаков, затем генерал-майор О.К. Агатов, участник партизанского движения, ветеран труда В.В. Варфоломеева. С 1985 г. по 2000 г. директором музея была Л.А. Жамейко.
За годы существования музея МИСИ-МГСУ его сотрудниками, преподавателями были собраны коллекции экспонатов, отражающих историю и достижения университета. За годы существования музея МИСИ-МГСУ его сотрудниками, преподавателями были собраны коллекции экспонатов, отражающих историю и достижения университета. Сегодня фонды музея насчитывают около 6 000 экспонатов, среди которых первые научные издания, макеты инженерных конструкций, лабораторное оборудование, вычислительная техника, личные вещи профессорско-преподавательского состава, атрибутика творческой деятельности мисийцев, предметы одежды, памятные значки, кубки, документы и фотографии.
С сентября 2023 года ведется подготовка к реконструкции музея – созданию новой постоянной экспозиции и дополнительного выставочного пространства. Сотрудники музея занимаются исследовательской деятельностью, систематизацией фондов, проводят культурно-просветительские мероприятия.