Задача музея сегодня не просто сохранение имеющихся коллекций, а осуществление тесного взаимодействия общества и музея, расширение научно-исследовательской, культурно-просветительской, образовательной деятельности. Музей СФУ — это молодой музей, созданный для того, чтобы зафиксировать историю создания и развития Сибирского федерального университета. Сегодня Музей СФУ осуществляет широкую культурно-просветительскую, образовательную и мемориальную работу, направленную на сохранение памяти о выдающихся людях университета, популяризации научного и культурного наследия известных современных учёных, и деятелей культуры.
Из наиболее значимых проектов Музея СФУ можно назвать создание мемориальных именных аудиторий, посвящённых учёным, которые когда-либо работали в вузах, вошедших в состав СФУ. Большое культурно-просветительское и образовательное значение имеет проект Музея СФУ «Клуб интересных людей „Персона“», представляющий, прежде всего, студенческой аудитории возможность встретиться и пообщаться с наиболее интересными деятелями культуры и науки.
Большая работа Музея посвящена эстетическому воспитанию молодежи. Музейные экспозиционные площадки стали местом притяжения студентов, преподавателей и гостей нашего университета. За время активной выставочной работы Музей СФУ смог собрать огромную коллекцию художественных подлинников, ставшую основой фонда искусства.