Музей истории НГУ — это пространство, где собрана и бережно хранится память об одном из ведущих вузов страны: его становлении, выдающихся учёных, студенческой жизни и тесной связи с научным сообществом Академгородка. Официально музей открыли в 1983 году, но собирать материалы начали гораздо раньше — с первых дней работы НГУ. В фондах и на выставках собраны самые разные материалы, которые помогают проследить путь университета: Документы и фото — от торжественного открытия НГУ в 1959 году до современных событий.
Предметы — значки, кубки, знамёна, связанные с разными этапами жизни вуза. Полиграфия — стенгазеты, плакаты, вырезки из газет, программки мероприятий. Личные истории — воспоминания преподавателей, студентов, учёных, в том числе участников Великой Отечественной войны. Музей регулярно проводит временные выставки. Например, были экспозиции «У истоков Сибирской академии» (к юбилею Лаврентьева), «Великая Отечественная война в лицах» (с портретами и историями сотрудников и студентов НГУ), «Русская Голгофа».